モディファイアーからブーリアンを追加することでオブジェクトに穴をあけたりすることが出来るのでそのやり方を紹介します。
ブーリアンを追加し穴を開ける
今回は、立方体と円柱のオブジェクトを使い立方体の中心に穴を開けるということをやっていきたいと思います。

今回は、立方体に穴を開けたいので立方体を選択した状態でモディファイアープロパティからモディファイアーを追加を選択しブーリアンを追加します。

立方体にブーリアンを追加するとモディファイアープロパティにブーリアンが表示されます。

ブーリアンの設定で今回は、差分を選択しオブジェクトから先ほどの円柱を選択します。

オブジェクトを円柱に設定したら、立方体の穴を開けたい場所に円柱を移動させます。

この状態で既に立方体に穴が開いているのですが、それを確認するには、シーンコレクションにある円柱を目隠しし非表示にしてください。

この状態で3Dビューポート上の立方体を確認すると真ん中に穴が開いたのが分かります。

穴が開いたのを確認出来たらブーリアンから適用させます。

適用させることで、編集モードでオブジェクトを確認すると穴が開いた状態でメッシュを確認出来ます。
